Vid misstanke om gastrointestinal parasitinfektion utförs traditionell faecesmikroskopering och/eller PCR-diagnostik. Provet skickas till Klinisk Mikrobiologi för visare provhantering och ställningstagande till vilken metodik provet ska undersökas med, (ett flödesschema används för denna selektion) -utförs av personal vid Klinisk Mikrobiologi och Klinisk kemi och transfusionsmedicin. För optimal känslighet tas proven i SAF-lösning.
Vid mikroskopering påvisas cystor, oocystor och trophozoitformer av intestinala protozoer som Entamoeba, Giardia, Blastocystis och Cryptosporidium. Ägg av intestinala maskar som Ascaris, Trichuris, hakmask (Ancylostoma, Necator), bandmask (Taenia spp), Schistosoma spp med flera, påvisas också i mikroskopet. Masksegment och hela maskar kan förekomma.
Ägg av Enterobius vermicularis (springmask) påvisas enklast genom tejptest. Se separat anvisning F-Springmask tejptest.
Med modern PCR-metodik, som rekommenderas då parasitorsakad diarré misstänks, kan följande agens påvisas: Giardia intestinalis (lamblia, duodenalis), Cryptosporidium parvum, Cryptosporidium hominis och Entamoeba histolytica.