STR (Short Tandem Repeat) loci består av korta, repetitiva sekvenser som är 3-7 bp långa. Dessa repetitiva sekvenser är fördelade över hela genomet och kan användas som polymorfa markörer för att särskilja material från olika individer från varandra. Allelerna från STR-loci differentieras med antalet kopior av den repetitiva sekvensen som finns i det amplifierade området och separeras med hjälp av kapillärelektrofores.
Vid misstanke om förväxling av prover eller kontamination inom ett prov kan analysen användas för att utreda huruvida en förväxling eller kontamination föreligger.