Under 2000-talet har nya läkemedel i form av små molekyler (tyrosinkinashämmare) introducerats på marknaden. Dessa målstyrda preparat kan idag användas både som adjuvant som neoadjuvant behandling hos patienter med GIST och har för en selekterad patientgrupp en god klinisk effekt med förlängd PFS. Patientgruppen som har nytta av behandlingen har genetiska förändringar som gör dem responsiva för läkemedlen och för att kunna avgöra vilka patienter som bör behandlas med denna riktade terapi behöver genetiska analyser utföras.